湿地有其独特的生物地球化学循环

其间许多化学迁移和转化过程不为其它生态系统所共享。湿地土壤在淹水时形成强还原区

但在水—土界面上常有一氧化薄层。发生于还原环境中的C

N

P

S

Fe

Mn的转化都影响着物质对生态系统的有效性;一些化学转化还会导致毒性环境

许多化学转化由微生物种群来调节。化学物质经降水、地表径流、地下水和潮汐等水文途径被输送至湿地中

降水途径占优势的湿地一般养分较贫乏

经另外3个途径输入湿地的化学物质的浓度变化较大

并非所有的湿地都是养分的汇

而且其季节之间、年际之间的模型也不一致。尽管对毗邻的生态系统的直接影响难以定量化

湿地通过有机物质的输出常与毗邻生态系统进行化学耦合。湿地与陆生、水生生态系统相类似

因为它们都可能是富营养或贫营养系统;当然它们之间也有一些差异

特别是在沉积物贮存养分以及植被在不同养分循环中的功能方面差异较大。